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NGS技術(shù)在出生后單基因遺傳病診斷中的應(yīng)用

2022-01-08 16:14:49 作者:sn_wsl 720人瀏覽
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已知的單基因病致病基因和遺傳方式大部分已明確,不受環(huán)境因素的影響。目前,已知的人類單基因遺傳病已超過(guò)10000種,盡管單基因病個(gè)體發(fā)病率很低,但人群總發(fā)病率仍較高,約為1/100。大部分單基因病具有致死性、致殘性或致畸性,臨床表現(xiàn)多樣,因此診斷準(zhǔn)確率不高。傳統(tǒng)的單基因遺傳病檢測(cè)方法主要為Southern印跡法、Sanger測(cè)序,以及以PCR技術(shù)為基礎(chǔ)的各種檢測(cè)手段。

傳統(tǒng)檢測(cè)方法的操作步驟復(fù)雜、通量低,不易檢測(cè)出未知的突變位點(diǎn)和進(jìn)行全基因組范圍內(nèi)的基因突變分析。通過(guò)先進(jìn)的NGS技術(shù)可對(duì)上千種由于基因變異(基因突變、平衡異位、微缺失等)導(dǎo)致的遺傳病進(jìn)行檢測(cè),且可在早期對(duì)胎兒的脫落細(xì)胞或者絨毛膜進(jìn)行檢測(cè),在產(chǎn)前就可確認(rèn)胎兒是否患有遺傳病。目前,NGS技術(shù)應(yīng)用于單基因遺傳病的形式有目標(biāo)序列捕獲高通量測(cè)序技術(shù)(Panel)測(cè)序、全外顯子組測(cè)序、全基因組測(cè)序和轉(zhuǎn)錄組測(cè)序等。

Panel測(cè)序通過(guò)靶向某一已知疾病的全部致病基因,能夠快速高效地分析給定樣本是否患有

該疾病,根據(jù)臨床診斷需要自由設(shè)計(jì)Panel,靈活方便,但不能有效地預(yù)測(cè)新的致病基因和對(duì)未知疾病的致病基因進(jìn)行診斷。當(dāng)Panel測(cè)序診斷結(jié)果為陰性,或者臨床表型比較復(fù)雜時(shí),就需要行全外顯子組測(cè)序和全基因組測(cè)序,以進(jìn)行更大范圍的篩查。全外顯子組測(cè)序是指對(duì)個(gè)體外顯子區(qū)進(jìn)行測(cè)序的方法,一般包括22000個(gè)左右的編碼基因,能夠更快地確定致病基因及其突變位點(diǎn),但不能獲得完整的基因組信息,且不適用于非編碼區(qū)突變和DNA結(jié)構(gòu)變異等檢測(cè)。

全基因組測(cè)序是對(duì)某個(gè)體基因組的測(cè)序,不僅能夠明確患者的基因譜,而且能夠檢測(cè)出更多的突變類型,如一些結(jié)構(gòu)變異、拷貝數(shù)變異等;但該方法價(jià)格昂貴且數(shù)據(jù)量大,導(dǎo)致數(shù)據(jù)儲(chǔ)存和結(jié)果解讀十分困難。全外顯子組測(cè)序和全基因組測(cè)序應(yīng)用于潛在遺傳?。ㄉ形创_診)的分子診斷時(shí),診斷準(zhǔn)確率為25%~52%。通過(guò)TRIO測(cè)序(患者及其父母共同進(jìn)行測(cè)序),有助于發(fā)現(xiàn)父母不存在,而孩子新發(fā)生的突變(新發(fā)突變)和潛在的隱性遺傳突變。

轉(zhuǎn)錄組測(cè)序主要是通過(guò)對(duì)某一物種特定細(xì)胞或組織在某個(gè)狀態(tài)下的轉(zhuǎn)錄本和基因序列進(jìn)行測(cè)序,以研究基因的表達(dá)情況,從而對(duì)非編碼區(qū)功能、結(jié)構(gòu)和新轉(zhuǎn)錄本的預(yù)測(cè)等進(jìn)行研究。


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