藥物對胎兒的作用很大程度上取決于暴露于藥物時的胎齡，藥物的效能，和藥物劑量。藥物對不同時期胚胎及胎兒的影響是不一樣的：

1.受精后20天內：這時候藥物作用通常是全或無的效應，殺死胚胎或者完全不影響。這個階段一般無致畸作用。

2.器官形成過程中（受精后20到56天）：致畸作用最可能發(fā)生在這個階段。藥物在這個階段作用于胚胎可能導致流產，尚不致死的大的解剖學缺陷（真正的致畸效應），或者隱性胚胎?。ㄒ环N出生后表現出的永久的輕度代謝或者功能缺陷），或者藥物并沒有可檢測的不良作用。

3.器官形成以后（孕中晚期）：不會有致畸作用發(fā)生，但藥物可能影響已發(fā)育正常的胎兒器官和組織的生長和功能。由于胎盤代謝增加，發(fā)生胎兒毒性需要更高的藥物劑量。

盡管藥物安全性問題受到了廣泛關注，但藥物暴露引起的胎兒先天畸形僅占所有畸形的2到3％；大多數胎兒畸形由基因、環(huán)境因素、或不明原因所致。