這也是準爸爸、準媽媽們非常關(guān)心的問題。較早時候科學(xué)家們曾發(fā)現(xiàn)，試管嬰兒技術(shù)的幼兒性染色非整倍體率和結(jié)構(gòu)異常率有輕微增高，智力發(fā)育略低于自然受孕的寶寶。但是近年來英國牛津大學(xué)的科學(xué)家則發(fā)現(xiàn)，3歲的試管嬰兒寶寶的認知能力高于自然受孕的寶寶。近期越來越多的研究發(fā)現(xiàn)，5歲、8歲、10歲等年齡段的試管嬰兒技術(shù)出生的孩子在情商、智商以及運動能力等方面與自然受孕出生的孩子相比，不但沒有差距，甚至略微勝出一籌。美國科學(xué)家觀察了423名試管嬰兒技術(shù)出生的8~17歲的學(xué)生，與372名自然妊娠的學(xué)生相比，發(fā)現(xiàn)8歲的試管嬰兒們的心智、身體機能高于自然受孕的孩子，10歲的試管嬰兒們比自然受孕的孩子平衡能力更好。進一步研究則發(fā)現(xiàn)，表現(xiàn)優(yōu)異的試管嬰兒的父母至少有大專以上學(xué)歷。因此認為，家長教育水平比受精方式對后代的認知能力影響更大。

出生缺陷是準爸爸、準媽媽最關(guān)心的問題。美國科學(xué)家做了項研究，比較了1500名采用試管嬰兒技術(shù)出生的嬰兒、340名采用人工授精技術(shù)出生的嬰兒和8400名自然受孕嬰兒的出生缺陷發(fā)生率，發(fā)現(xiàn)三者的缺陷率分別為2%、0%和4%。試管嬰兒出生缺陷率略高的原因，是采用試管嬰兒助孕的女性普遍存在著年齡偏大、原發(fā)疾病多等不利因素，這都會影響胚胎、胎兒發(fā)育，相應(yīng)地增加了嬰兒遺傳缺陷。

除了上述研究以外，目前關(guān)于試管嬰兒的出生缺陷率報道不對于試管嬰兒是否會增加出生缺陷也存在很大爭議。第二代試管嬰兒技術(shù)(即卵胞漿內(nèi)單精子注射技術(shù))是將精子注射入卵子，許多人擔心容易損傷卵子，引起孩子發(fā)育異常，但大多數(shù)研究未發(fā)現(xiàn)該技術(shù)導(dǎo)致出生缺陷增加。該技術(shù)應(yīng)用的早期僅有個別文獻報道，應(yīng)用第二代試管嬰兒技術(shù)出生的男嬰睪丸不降比率略有增加，但是該病通過小手術(shù)就能解決。近年來人們逐漸認識到體外培養(yǎng)對胚胎的基因后成修飾的影響，一些罕見的印記基因疾病如伯一韋綜合征、安琪兒綜合征與試管嬰兒技術(shù)相關(guān)，但是這些印記基因疾病總的發(fā)生率小于1/概率非常低。

在某些方面，試管嬰兒甚至會減少遺傳病的發(fā)生，比如通過采用第三代試管嬰兒技術(shù)—胚胎種植前遺傳學(xué)診斷或篩查，可以避免多種遺傳性疾病，譬如地中海貧血等的發(fā)生，這是自然受孕無法做到的。

在某些方面，試管嬰兒甚至會減少遺傳病的發(fā)生，比如通過采用第三代試管嬰兒技術(shù)―胚胎種植前遺傳病診斷，可以避免很多人類遺傳性疾病遺傳給后代，譬如地中海貧血、先天愚型等等，這是自然受孕無法做到的。